Sientan las bases para la secuenciar el microbioma del cáncer de colon

Un equipo de investigadores del Instituto de Investigación Biomédica de Bellvitge (Idibell) y del Instituto Catalán de Oncología (ICO) han realizado una prueba piloto de análisis de la microbiota intestinal.

Se han analizado, con dos métodos de secuenciación diferentes, biopsias de colon y muestras fecales de nueve pacientes. El objetivo ha sido poner a punto las técnicas de secuenciación y las herramientas de análisis bioinformático.

Se trata del primer trabajo de un proyecto que pretende ser mucho más extenso. Los datos obtenidos en esta prueba piloto servirán de base para el diseño del método de análisis del proyecto Colonbiome, que tiene por objetivo buscar marcadores de la microbiota que puedan servir para la detección precoz del cáncer de colon.

Para ello, se recogerán biopsias de colon y muestras de heces de personas sanas y pacientes en diferentes fases de cáncer colorrectal, y luego se secuenciará el genoma de la microbiota para identificar las diferencias entre los grupos.

Los resultados del microbioma se publican en una base de datos colaborativa

Todos los datos obtenidos en este estudio piloto han sido introducidos en la European Nucelotide Archive, una base de datos pública y colaborativa, donde se comparten secuencias genómicas de todo tipo para el aprovechamiento de toda la comunidad científica.

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El hecho de secuenciar un gen presente solo en la microbiota permite analizar muestras de biopsias sin que el genoma humano interfiera

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Los resultados de esta primera prueba piloto han sido publicados en la revista Scientific Data, también pública, donde se han detallado tanto las secuencias como las fórmulas de análisis bioinformático utilizadas.

Este estudio no solo pretende ser útil para los futuros trabajos del grupo sino que, gracias a su carácter abierto y público, pretende ser una ayuda a todos aquellos grupos de investigación que estén realizando análisis similares o probando nuevas herramientas bioinformáticas, a los que se les pone al alcance todos los resultados obtenidos.

Además, los investigadores aseguran que también harán públicos todos los detalles de los estudios posteriores, para así seguir contribuyendo en la colaboración y el avance del campo.

Dos métodos distintos de secuenciación del microbioma

En el estudio se han comparado dos métodos de secuenciación: el 16s y el Shotgun. El primero descifra la secuencia de un solo gen de los microorganismos, mientras que el segundo da la secuencia completa de todo el genoma.

Aunque al secuenciar un único gen perdemos resolución, puede resultar más económico el primer método. Además, el hecho de secuenciar un gen solo presente en la microbiota permite analizar muestras de biopsias sin que el genoma humano interfiera.

Adicionalmente, la prueba piloto ha mostrado que ambas técnicas son consistentes. Aunque la secuenciación completa es más sensible y distinguimos más especies de microorganismos, en ningún momento contradice los resultados obtenidos en secuenciar un único gen.