Origen del Covid-19 en España: entró por Vitoria el 11 de febrero

El virus SARS- Cov-2 entró en España por la ciudad de Vitoria, en torno a 11 de febrero de 2020, a través de la cepa genética B3a. El País Vasco es la comunidad autónoma con más probabilidades de albergar el origen de la pandemia en España, con un foco de expansión importante que tiene lugar entre los días 5 y 14 de aquel mes, así como entre el 16 y el 19 de marzo.

Estas son algunas de las conclusiones a las que llegaron los científicos del IDIS Antonio Salas Ellacuriaga y Federico Martinón Torres (jefe del Servicio de Pediatría del Hospital Clínico de Santiago de Compostela) en un artículo que acaba de ver la luz en la revista Zoological Research y que identifica las cinco cepas genéticas que explicarían el 90% de todos los incidentes en la base de datos de genomas, la práctica totalidad de los casos de Covid-19 en el territorio español.

A2a5, el segundo linaje más importante del virus en España, pudo originarse en Italia, el lugar donde surge su ancestro evolutivo, A2a, a su vez, el más importante a nivel mundial. Esta última llegaría a España a principios de marzo y rápidamente se hace fuerte en Madrid, explican los investigadores. Muchos de estos linajes, ya sean los generados dentro de España, como los importados, pudieron ser exportados a otros lugares del mundo, como Inglaterra (B3a) o Sudamérica (B3a o A2a4, entre otras).

El grupo de investigadores liderado por los investigadores del Instituto de Investigación Sanitaria de Santiago de Compostela (IDIS), descifró el comportamiento del virus en el estado. España representa uno de los grandes focos mundiales de la primera ola de la pandemia.

Con la finalidad de entenderla desde el punto de vista del agente causal, el equipo de investigadores analizó un total de 41.362 genomas, de los cuales 1.245 componen la muestra española. Este es el mayor estudio global llevado a cabo hasta la fecha en relación con la variabilidad genómica del SARS- CoV-2 en el mundo y el primero publicado en explorar la variación genética en España.

B3a, el primer linaje español del Covid-19

El presente estudio es una continuación del proyecto pionero previo del mismo grupo de investigación donde los autores descubrieron la importancia de los super- contagiadores como gran motor de la pandemia SARS- CoV-2. Esta vez, los científicos centraron sus esfuerzos en comprender la dinámica de transmisión en España.

Según este estudio, existen cinco linajes principales que explican casi el 90% de todos los incidentes en la base de datos de genomas: A2a5 (38.4%), B3a (30.1%), B9 (8.7%), A2a4 (7.8%), y A2a10 (2.8%). “Mediante una combinación de análisis evolutivos y matemáticos que tienen en cuenta no solo la cronología de los genomas, sino también sus patrones de variación genómica, fuimos capaces de reconstruir el origen más probable de estos linajes, dentro y fuera de España”, explica Antonio Salas. El estudio constata que mientras que B3a, B9 y la sub-linaje A2a5-c surgieron en España; A2a5, A2a4 y A2a10 fueron importados de otros países de Europa.

Un aspecto distintivo del SARS-CoV-2 en España es la frecuencia tan elevada de genomas pertenecientes a la cepa B: 39.3%; mayoritariamente representadas por las sub-cepas B3a y B9. “En el estudio presentado, se hace una investigación al más puro estilo policial aunando la información que procede de distintas fuentes, básicamente evolutivas, geoespaciales y cronológicas (filogeografía) y ayudándose de la enorme fuente de información aportada por la gran base de datos internacional de genomas utilizada en el estudio”, explican los científicos.

En relación con el linaje B3a, y a la luz de los datos existentes en los genomas que componen la muestra, el estudio concluye que el País Vasco es la zona más probable para albergar su origen. Por otro lado, A2a5, el segundo linaje más importante en España “muy probablemente se originó en Italia, otro de los grandes epicentros no asiático en la expansión del coronavirus”, afirman Salas y Martinón.

La mutación D614 G es menos frecuente en España

Existen ya algunos trabajos que apuntan a que la mutación D614 G en el coronavirus le confiere una mayor capacidad de transmisión. “Nuestro estudio indica que esta mutación está presente en aproximadamente un 56% de todas las cepas de España, lo cual podría parecer muy alta, pero es con todo la más baja de toda Europa (82%)”, señalan.

Los resultados de estos investigadores no apoyan una implicación de esta mutación en el alto incidente de Covid-19 en España, no solamente por su frecuencia que es difícil de encajar con el incidente de la enfermedad, sino también porque la mutación surge en A2 y no A2a; pero es A2a, con todo, “la cepa que tiene éxito a nivel mundial”. Los autores proponen que es el azar, técnicamente deriva génica, favorecido por eventos de super-contagio, lo que eleva la frecuencia de esta mutación en todo el mundo.

Los linajes principales de España experimentaron incrementos repentinos en su tamaño efectivo en un tiempo muy corto y en ciudades concretas. El análisis evolutivo de estos linajes delata que detrás de estas expansiones del virus fue necesaria la mediación de super- contagiadores.

Existen varias fuentes de evidencia en relación con este hecho que tienen que ver con la vida media de las cepas de los virus, sus tasas evolutivas, localización geográfica, o cronología, entre otras. “Por todo ello creemos que el papel de los super-contagiadores y no variaciones ventajosas en el genoma del virus, tuvieron mucha más importancia a la hora de entender y explicar la epidemioloxía del SARS- Cov-2”, dice Martinón.

La metodología utilizada por el grupo de Salas y Martinón servirá de modelo para estudiar cualquier otra zona del mundo y demuestra la posibilidad de estudiar la dinámica del virus a escalas geográficas pequeñas cuando se analizan en un contexto pandémico internacional.

Este trabajo es solo una parte de un proyecto mucho más ambicioso denominado GEN- COVID, una apuesta que integra genómica, transcriptómica, epigenómica, proteómica e inmunología. El artículo titulado ‘Phylogeography of SARS- CoV-2 pandemic in Spain: la story of multiple introductions, micro- geographic stratification, founder effects, and super- spreaders’ está también firmado por Alberto Gómez Carballa, Xabier Bello Paderne, Jacobo Pardo Seco y María Luisa Pérez del Molino-Bernal.