Un nuevo método ayuda a identificar rápidamente las mutaciones genéticas del virus

MADRID, 2 (EUROPA PRESS)

Investigadores de la Universidad de Drexel (Estados Unidos) han informado de un método para identificar y etiquetar rápidamente las versiones mutadas del virus que causa el COVID-19. Su análisis, utilizando la información de una base de datos mundial de información genética obtenida de las pruebas de coronavirus, sugiere que hay por lo menos de 8 a 14 versiones ligeramente diferentes del virus que infecta a las personas en América, algunas de las cuales son iguales o han evolucionado posteriormente a partir de cepas directamente de Asia, mientras que otras son las mismas que se encuentran en Europa.

Desarrollado en primer lugar como una forma de analizar muestras genéticas para obtener una instantánea de la mezcla de bacterias, el instrumento de análisis genético extrae patrones de volúmenes de información genética y puede identificar si un virus ha cambiado genéticamente. A continuación, pueden utilizar la pauta para categorizar los virus con pequeñas diferencias genéticas mediante etiquetas denominadas marcadores informativos de subtipos (ISM).

Aplicando el mismo método para procesar los datos genéticos virales pueden detectar y categorizar rápidamente ligeras variaciones genéticas en el SARS-CoV-2, el nuevo coronavirus que causa el COVID-19, según informó el grupo en un artículo publicado recientemente en la revist 'PLoS Computational Biology'. La herramienta de análisis genético, diseñada por el investigador graduado de Drexel Zhengqiao Zhao, que genera estas etiquetas está a disposición del público para los investigadores de COVID-19 en GitHub.

La herramienta ISM es particularmente útil porque no requiere el análisis de la secuencia genética completa del virus para identificar sus mutaciones. En el caso del SARS-CoV-2, esto significa reducir el código genético de 30.000 bases del virus a una etiqueta de subtipo de 20 bases de largo.

También identificó ciertas posiciones en la secuencia genética del virus que cambiaron juntas a medida que el virus se propagaba. Los investigadores descubrieron que desde principios de abril hasta finales del verano, tres posiciones en la secuencia del SARS-CoV-2 mutaron al mismo tiempo. Esas posiciones están en diferentes partes de la secuencia genética. Se cree que una parte está asociada con la señalización y la replicación celular. Otra parte está asociada con la formación de la espiga de la proteína - la parte del virus que permite su entrada en las células sanas - cambiada en tándem con una tercera porción de código, que no se traduce a proteína.

Aunque se necesita más investigación sobre cómo estas mutaciones simultáneas afectan a la transmisión y la gravedad del virus, los sitios que cambian juntos pueden utilizarse para consolidar la etiqueta del subtipo en 11 bases, lo que podría hacer más eficiente el análisis posterior, según los investigadores.

"Es el equivalente a escanear un código de barras en lugar de teclear el número completo del código del producto. Y ahora mismo, todos estamos tratando de pasar por la tienda de comestibles un poco más rápido. Para los científicos esto significa ser capaces de pasar a un análisis de nivel superior mucho más rápido. Por ejemplo, puede ser un proceso más rápido en el estudio de qué versiones de virus podrían estar afectando a los resultados de salud. O bien, los funcionarios de salud pública pueden rastrear si los nuevos casos son el resultado de una transmisión local o si provienen de otras regiones de Estados Unidos o de otras partes del mundo", señalan.

Si bien estas diferencias genéticas podrían no ser suficientes para delinear una nueva cepa de virus, el grupo sugiere que la comprensión de estos "subtipos" genéticamente significativos, dónde se están encontrando y cuán prevalentes son en estas áreas es un dato lo suficientemente granular como para ser útil.