Nuevas cepas Covid: Sanidad secuenciará el virus en 4 casos sospechosos

La Ponencia de Alertas y Planes de Preparación y Respuesta, dependiente de la Comisión de Salud Pública del Consejo Interterritorial, ha aprobado un protocolo de Integración de la Secuenciación Genómica en la Vigilancia del SARS-CoV-2. El documento, elaborado por la Ponencia de Alertas del Ministerio de Sanidad con la participación del Instituto de Salud Carlos III, ofrece una guía para trabajar en la determinación de la incidencia de las variantes genéticas del virus, así como en la identificación de nuevas variantes, que puedan ser de interés para la salud pública.

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Sanidad asegura que la aparición de variantes genéticas es algo normal en un virus y que la mayoría “no proporcionan una ventaja selectiva ni suponen cambios que alteren su comportamiento o patrón de infección”, pero pueden darse casos en los que algunas variantes aumenten su transmisibilidad o virulencia, o permitan al virus escapar a la acción de los anticuerpos neutralizantes generados tras una infección natural o la administración de una vacuna. “Por ello, añadir la secuenciación genómica a la vigilancia epidemiológica del virus es importante para el control de la pandemia”, explican.

El protocolo aprobado señala que, para integrar la secuenciación genómica en el sistema de vigilancia epidemiológica, se debe establecer una red de laboratorios que desarrolle las capacidades de secuenciación. Esta red estará coordinada por el Ministerio de Sanidad en colaboración con el Centro Nacional de Microbiología del ISCIII que actuará como nodo central en lo referente a aspectos científico-técnicos relacionados con la secuenciación y la armonización de procedimientos.

El documento determina un procedimiento para la identificación y seguimiento de las variantes circulantes en España, y una metodología para que la información se integre en el Sistema de Vigilancia Epidemiológica en España (SiViEs), que gestiona el Centro Nacional de Epidemiología del ISCIII junto con el Ministerio de Sanidad y las comunidades autónomas como parte de la Red Nacional de Vigilancia Epidemiológica (RENAVE). Además, se incluye una guía para la toma, envío y manejo de muestras.

El documento se ha redactado en consonancia con las recomendaciones europeas e internacionales. Al respecto, el Centro Europeo para la Detección y el Control de Enfermedades (ECDC) ha propuesto varias medidas de salud pública para contener la transmisión comunitaria de variantes de interés. Estas medidas, reflejadas en el protocolo, incluyen la detección precoz de la circulación de las variantes mediante secuenciación genómica en grupos diana; la determinación de la incidencia de casos de dichas variantes en la población; el seguimiento de casos y contactos intensificado en personas con vínculos epidemiológicos conocidos en zonas con importante circulación de las variantes de interés, y las posibles restricciones de movimiento a estas zonas.

Procedimiento en situaciones en las que se sospeche la presencia de una variante

El documento establece que las CCAA realizarán la secuenciación de SARS-CoV-2 en un número representativo de casos de forma planificada y fija cómo proceder en situaciones que se sospeche la presencia de una variante de interés para la salud pública.

Sospecha de reinfección: Personas que tuvieron una infección documentada por SARS-CoV-2 hace más de 90 días tal y como se establece en la definición de caso de reinfección de la Estrategia de detección precoz, vigilancia y control de Covid-19. Esta definición de caso de reinfección puede ir cambiando según se conozca más acerca de la misma.

Infección con vínculos epidemiológicos (14 días previos) con lugares o ámbitos donde se haya detectado o haya probabilidades de detectar nuevas variantes de interés para la salud pública: Personas con vínculos epidemiológicos con lugares en los que se haya descrito una alta incidencia por las variantes B.1.1.7 (Reino Unido), B.1.351 (Sudáfrica), variante B.1.1.28.1 (Brasil).

La variante B.1.1.7 puede ser sospechada mediante el fallo en la amplificación del gen S en técnicas de RT-PCR que utilicen este gen como una de sus dianas. La falta de amplificación para este gen puede constituir un buen método de cribado para su posterior secuenciación. Dado el interés actual de la variante B.1.1.7 y para conocer el grado de penetración de esta cepa en un territorio, podría establecerse un estudio de cribado en base a esta técnica de RT-PCR y secuenciar como prioritarias una muestra de las cepas obtenidas como sospechosas por dicha técnica.

También se incluirán muestras relacionadas con brotes en animales, con grupos específicos procedentes de países en situación de riesgo o con riesgo desconocido, o cualquier otra situación con interés para la salud pública.

Casos con sospecha de infección con variantes que escapan a la inmunidad: Personas que han recibido una pauta de vacunación completa y ha trascurrido el tiempo estipulado según cada vacuna considerar que se han alcanzado títulos adecuados de anticuerpos o personas con infección confirmada por SARSCoV-2 que reciben tratamiento con plasma de convaleciente o anticuerpos monoclonales y no responden al mismo.

Situaciones en las que se sospecha una alta transmisibilidad o virulencia: Brotes epidémicos con una alta tasa de ataque o aumentos muy rápidos en la incidencia en un determinado territorio o agrupaciones de casos con una tasa de hospitalización o mortalidad superior a la esperada. En estas situaciones no es necesario secuenciar todas las muestras sino una selección. Se considerará en casos individuales con comportamiento clínico no esperado por su gravedad. 

Por último, cabe señalar que el protocolo estará en permanente revisión en función de la evolución de la pandemia y de la información nueva que se disponga de la infección por SARS-CoV-2.