Operativo desde los años 90 del pasado siglo, sustituye al antiguo Hospital Genera Yagüe. Forma parte del Complejo Asistencial Universitario de Burgos en el que están integrados también:
Hospital Fuente Bermeja (Salud Mental)
Hospital Divino Vallés (apoyo al Hospital Universitario de Burgos, que asumió sus funciones sanitarias)